INTERFIN przeprowadza audyty zewnętrzne wydatkowania środków finansowanych na naukę oraz wydatków kwalifikowanych pochodzących z Unii Europejskiej.
Ponadto przeprowadza również audyty projektów finansowanych przez PFRON.
Raport z audytu sporządza się dla poszczególnych etapów realizacji projektów danym okresie kalendarzowym lub dla całego okresu wykorzystania środków.